Nahezu alle für die Wasserstofferzeugung eingesetzten Energieträger enthalten in gewissen Mengen Schwefel (S). Er ist sehr schädlich für die Katalysatoren der Brennstoffzellen. Deshalb wird dem Reformer eine Entschwefelungsstufe vorgeschaltet, die den Schwefel physikalisch abtrennt. Da bestimmte Zelltypen (vor allem die PEMFC) ein besonders reines Gas erfordern, muss auch Erdgas entschwefelt werden, das von Natur aus praktisch kaum Schwefel enthält, aber aus Sicherheitsgründen mit schwefelhaltigen Geruchsstoffen versetzt wird.