Je nach Brennstoffzellentyp kann es notwendig sein, den Kohlenmonoxidgehalt des Prozessgases nach dem Verlassen des Shift-Reaktors durch chemische oder physikalische Trennverfahren weiter zu reduzieren. Die physikalische Gasreinigung erfolgt durch Adsorption oder Membrantrenntechnik. Ein chemisch-katalytisches Verfahren ist die selektive Oxidation (PROX), bei der Kohlenmonoxid unter Zufuhr von Luftsauerstoff zu Kohlendioxid reagiert.