CO entsteht als Reaktionsprodukt von Sauerstoff (O) und Kohlenstoff (C) bei unvollständiger Verbrennung, z.B. von Kraftstoffen. Es blockiert die Sauerstoffaufnahme im Blut, indem es sich anstelle des Sauerstoffs mit den roten Blutkörperchen verbindet. Schon in geringen Mengen kann Kohlenmonoxid Gesundheitsschädigungen hervorrufen. In Brennstoffzellen, vor allem bei der PEMFC, führt CO zu Spannungsverlusten und Katalysatorschäden. Deshalb wird es im Rahmen der Brenngasaufbereitung so weit wie möglich entfernt (Shift-Reaktor).