Brennstoffzellen haben eine günstige ökologische Bilanz. Dazu tragen insbesondere ihr hoher Wirkungsgrad und die geringen Emissionen bei. Vor allem in Kombination mit der Kraft-Wärme-Kopplung und einem dezentralen Versorgungskonzept (dezentrale Stromerzeugung) arbeiten Brennstoffzellen sehr energieeffizient und ressourcenschonend. Die ökologisch optimale Lösung, den notwendigen Wasserstoff mit Hilfe von regenerativen Energien zu erzeugen, ist allerdings erst langfristig realisierbar. Mit Erdgas steht jedoch für stationäre Brennstoffzellen schon heute ein Energieträger zur Verfügung, der die Umwelt vergleichsweise wenig belastet und eine entsprechende Infrastruktur für die Versorgung aufweist.