Der Wirkungsgrad bezeichnet die Effizienz technischer Prozesse, bei Strom- und Wärmeerzeugern z.B. das Verhältnis zwischen zugeführter und nutzbar gemachter Energie. Er ist eine wichtige Größe zur Beurteilung der Wirtschaftlichkeit einer Anlage. Da Brennstoffzellen chemische Energie ohne den Umweg über thermische und mechanische Energie direkt in elektrische Energie umwandeln, können sie theoretisch Wirkungsgrade bis zu 100 % erreichen. Die praktisch erreichbaren Werte sind jedoch durch verschiedene Verlustfaktoren niedriger. Durch die gleichzeitige Nutzung von Strom und Wärme erreichen Brennstoffzellen-Systeme einen hohen Gesamtwirkungsgrad (elektrischer plus thermischer Wirkungsgrad). Außerdem bleibt diese hohe Effizienz über einen weiten Lastbereich erhalten.