Die Wirtschaftlichkeit der Brennstoffzelle wird von vielen Faktoren bestimmt. Dazu gehören die erforderlichen Investitionen, Strom- und Gaspreise, Betriebsstunden, Wartungskosten, Lebensdauer, Einspeisevergütungen. Für einen wirtschaftlichen Durchbruch muss die Amortisationszeit unterhalb der Lebensdauer liegen. Wesentlichen Einfluss hat neben den Energiepreisen auch die gewählte Betriebsstrategie (wärme- oder stromgeführter Betrieb, Mischbetrieb aus beidem, Einbindung in ein Dezentrales Energiemanagement-System).